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胃间质瘤的治疗方法主要还是以手术治疗为主，手术治疗是其最重要的治疗手段，其他的主要治疗手段还包括介入药物治疗。
胃间质瘤由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况，选择最合适的药物，主要为分子肿瘤药物治疗，包含伊马替尼，常见的不良反应主要是水钠潴留、四肢及颜面部水肿、皮疹、疲劳乏力、恶心呕吐、腹痛、失眠、消化不良等。
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