引起心肌炎的致病微生物包括病毒，细菌，支原体，衣原体，立克次体，以及真菌等。其中病毒是导致心肌炎最常见的致病微生物，引起病毒性心肌炎最常见的病毒，主要为柯萨奇病毒，埃可病毒，流感病毒，腺病毒等。
病毒对心肌的损伤，包括直接损伤和间接损伤。直接损伤是指病毒侵犯到心肌以后，会对心肌产生直接的损伤效应；间接损伤是指病毒侵犯人体，会引起自身免疫反应的激活，而激活的免疫反应，会间接的损伤心肌组织。
心肌炎是指各种原因导致心肌的炎症性改变。
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