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亲子鉴定后法院会不会判断绝父子关系，要依据鉴定的结果而定，如果是亲生子女的，法院是不能判决断绝关系的，如果不是亲生子女的，可以解除双方的关系。
【法律依据】
《中华人民共和国婚姻法》第二十一条，父母对子女有抚养教育的义务；子女对父母有赡养扶助的义务。
父母不履行抚养义务时，未成年的或不能独立生活的子女，有要求父母付给抚养费的权利。
子女不履行赡养义务时，无劳动能力的或生活困难的父母，有要求子女付给赡养费的权利。
禁止溺婴、弃婴和其他残害婴儿的行为。
常规检测样本(如血痕、头发，口腔拭子等)一般需要七个工作日就能得到准确的鉴定结果，特殊样本(牙齿，肌肉等)需延迟十到十五个工作日出结果。从实验室角度来讲，亲子鉴定8小时出报告是可以实现的，但在实际受理过程中，大多数亲子鉴定机构出于对鉴定成本控制及风险的考虑，以及接收样本时间的不确定性，往往无法真正在8小时内出具亲子鉴定报告。按照亲子鉴定正常的程序，dna亲子鉴定是需要由不同的鉴定工作人员做两次，尤其是对于排除亲子关系的结论，必须由两名鉴定工作人员分别实验两次之后才能出具结论。其中第一轮实验结束一般需要两天，另外一次检测需要从dna的提取开始大概也是两天的时间，这样一共就需要四天时间。两轮实验过后，一般还需要三天的时间对检测结果做计算审核等，因此亲子鉴定一般需要七天时间。但是如果是客户急需或是公安机关破案需求，也可以请鉴定中心的工作人员加班完成。
【法律依据】
《民事诉讼法》第第七十七条规定，鉴定人有权了解进行鉴定所需要的案件材料，必要时可以询问当事人、证人。鉴定人应当提出书面鉴定意见，在鉴定书上签名或者盖章。
亲子鉴定需要的材料有：
1、被鉴定人必须亲自来本中心办理实名委托;
2、被鉴定人必须提供本人真实有效的身份证件;
3、被鉴定人必须承诺提供的信息真实有效;
4、亲子鉴定样本必须由本中心工作人员采集，必要时须有公证人员在场。
【法律依据】
根据《婚姻法司法解释三》第二条，夫妻一方向人民法院起诉请求确认亲子关系不存在，并已提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以推定请求确认亲子关系不存在一方的主张成立。
亲子鉴定有两种，分别是个人亲子鉴定和司法亲子鉴定，个人亲子鉴定比较简单，只需要提供样本给亲子鉴定机构即可，大致时间在半个月左右；司法亲子鉴定，是法院为了查清真相，由当事人申请，法院摇号选取鉴定机构，由亲子鉴定机构出具权威报告，以便法院查清事实。
《民法典》第一千零四十五条：亲属包括配偶、血亲和姻亲。配偶、父母、子女、兄弟姐妹、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女为近亲属。配偶、父母、子女和其他共同生活的近亲属为家庭成员。
“胎儿亲子鉴定”可从孕妇的羊水中提取细胞，通过鉴定胎儿的DNA（脱氧核糖核酸）确认父子关系。一般在怀孕四个月以上,只要方便抽羊水,就可以做。（B超下就可以看得到）。做胎儿亲子鉴定，必须要到4四个月以后抽羊水才行，那时子宫里有大量的羊水，只抽出几毫升羊水对胎儿的正常发育基本没有影响。意见建议：父亲、母亲、孩子三人都参加鉴定，是完整的DNA亲子鉴定，因为三联体鉴定较单亲鉴定有更高的精确率，往往可以达到99.9999%或则更高。
法律依据：
《婚姻法司法解释三》第二条 夫妻一方向人民法院起诉请求确认亲子关系不存在，并已提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以推定请求确认亲子关系不存在一方的主张成立。
当事人一方起诉请求确认亲子关系，并提供必要证据予以证明，另一方没有相反证据又拒绝做亲子鉴定的，人民法院可以推定请求确认亲子关系一方的主张成立。
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