限制酶用于DNA基因组物理图谱的组建；基因的定位和基因分离；DNA分子碱基序列分析；比较相关的DNA分子和遗传工程；进行基因工程编辑。限制酶是由细菌产生的，其生理意义是提高自身的防御能力。
限制酶是可以识别并附着特定的脱氧核苷酸序列，并对每条链中特定部位的两个脱氧核糖核苷酸之间的磷酸二酯键进行切割的一类酶。
限制性核酸内切酶作用于磷酸二酯键。
限制性核酸内切酶（以下简称限制酶）：限制酶主要存在于微生物中。一种限制酶只能识别一种特定的核苷酸序列，并且能在特定的切点上切割DNA分子。是特异性地切断DNA链中磷酸二酯键的核酸酶。发现于原核生物体内，现已分离出100多种，几乎所有的原核生物都含有这种酶。是重组DNA技术和基因诊断中重要的一类工具酶。
目前已经发现了200多种限制酶，它们的切点各不相内同。苏云金芽孢杆菌中的抗虫基因，就能被某种限制酶切割下来。在基因工容程中起作用。
基因工程中的构建基因表达载体需用到限制酶和DNA连接酶，限制酶会识别限制酶切割位点(即某个DNA序列，如AACC--TTGG，当然，不同的限制酶作用位点不一)，限制酶能将磷酸二酯键切断，不是随便切断，而是特定的。
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