1、以冷冻干燥法为例，可将孢子悬浮液与保护剂（一般用脱脂牛奶或血清）进行混合，然后将其放入安瓿管内，并将安瓿管放在零下20°C至零下30℃的乙醇液中速冻。
2、速冻后在低温的情况下用真空泵将乙醇液抽干，并用五氧化二磷或干冰将水汽结冻，最后熔封安瓿管并将它放置于低温下保存即可。
常用的菌种保藏方法有斜面低温保藏，这是最简单的方法，把菌种放在斜面培养基上培养成熟，之后挑选健壮的菌丝，边缘保存，温度应在4-6℃，一般情况下可以保藏大概2-4个月的时间。或者放在保护剂中，在预冻之后将其保藏在低温的冰箱里，不过比较适合专业的菌种保藏。
1、斜面低温保藏法
这是最简单最普通的保藏方法。首先将菌种在适宜的斜面培养基（一般PDA）上培养成熟后，选择菌丝生长粗壮，边缘保存。一般保存温度4～6℃，除草菇和银耳菌种外（10～15℃），此方法对其他食用菌都适宜，一般菌种可保藏2～4个月，所以需定时移接。此法保藏虽然方便，但是保藏时间短，需经常转管，也很容易发生衰退变异现象。因此，不能用作长期保藏，最好与其他方法结合起来保藏。另外，为了减少保藏期间培养基水分蒸发，琼脂最好加到2.5%。为防止菌种在保藏过程中产酸分的积累，应加入0.2%的磷酸氢二钾、磷酸二氢钾等缓冲盐类，同时，培养成熟后，最好将棉塞管口外剪平，并用矿蜡封或换以无菌木塞，这样做也可以减少培养基水分的散失，延长保存时间。在农村如果没有冰箱，可采用土法保藏。即把保藏用的斜面菌种换上无菌橡皮塞，并用矿烛蜡封后密闭的广口瓶中，悬入井底保藏。
2、贮藏室保藏法
原种和栽培种一般只在贮藏室短期保藏，贮藏室温度0～10℃为好。室内应清洁、干燥、无光，应经常检查温度和湿度，以降低其生活力，减少变异退化，防止杂菌污染，避免过早出菇。温度越高，保存的时间越短。
菌种保存是为了减慢或停止菌种的生长繁殖，不被杂菌污染，在较长时期内保持著生活能力。以便为扩大生产提供大量，可靠的优质菌株。
菌种是用于发酵过程作为活细胞催化剂的微生物，包括细菌、放线菌、酵母菌和霉菌四大类。来源于自然界大量的微生物，从中经分离并筛选出有用菌种，再加以改良，贮存待用于生产。
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