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生物进化的本质在于种群基因频率的改变，而造成种群基因频率改变的本质原因就是自然选择，自然原则通过对由基因控制的表现型的直接选择，间接选择出更适宜生物当前所处环境的基因，以最终达到进化的过程。并且环境的影响及大自然的选择(大自然的选择是通过生存竞争实现的，生物的多样性和适应性是自然选择的结果)生物要与环境相适应，环境的定向选择作用决定着生物进化的方向.
由原始蛋白质集合形成单细胞生物，为了更好适应环境，单细胞生物聚集形成多细胞生物。之后形成原始海洋植物和原始海洋动物。之后是蕨类植物、两栖爬行生物出现。恐龙出现，恐龙灭绝，鸟类，哺乳动物，裸子植物出现。然后是被子植物出现，最后是人类出现。
生物进化的基本环节是：突变和基因重组、自然选择及生殖隔离。
突变指发生的突然的、可遗传的变异现象，突变为生物进化提供原材料。
基因重组指在生物体进行有性生殖的过程中，控制不同性状的基因重新组合。
自然选择指生物在生存斗争中适者生存、不适者被淘汰的现象，最初由C·R·达尔文提出。自然选择定向改变基因库。
生殖隔离指由于各方面的原因，使亲缘关系接近的类群之间在自然条件下不交配，即使能交配也不能产生后代或不能产生可育性后代的隔离机制，生殖隔离是物种形成的标志。
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