危害：各遗传病发病率大大增加。
近亲繁殖（近亲结婚）会使得这些隐性等位基因有更多的相遇机会，并且产生遗传上的异常。与非近亲繁殖（非近亲结婚）相比，二级近亲的风险增大8倍，一级近亲的风险增大31倍，同胞通婚的风险率则是正常随机婚配的125倍。
据世界卫生组织估计，人群中每个人约携带5~6种隐性遗传病的致病基因。
在随机婚配（非近亲婚配）时，由于夫妇两人无血缘关系，相同的基因很少，他们所携带的隐性致病基因不同，因而不易形成隐性致病基因的纯合体（患者）。而在近亲繁殖时，夫妇两人携带相同的隐性致病基因的可能性很大，容易在子代相遇，而使后代遗传病的发病率升高。
近亲繁殖近亲繁殖：是指血统或亲缘关系相近的两个个体间的交配,即两个基因型或相近的个体之间的交配。
近亲是指直系亲父母与子女，祖父母与孙子女，外祖父母与外孙子女，和三代以内旁系血亲，兄弟姐妹、堂兄弟姐妹、舅、姨、姑、叔等。
猫近亲繁殖问题主要有以下三点：
1、从医学的角度出发，猫咪近亲繁殖是不能起到改良猫种的作用，但能保持和发扬该猫咪血系的优点和缺点。即近亲繁殖可能将繁殖系统里面猫父母的优点或缺点得到进一步的传承和发扬，让优点扩大，但同时缺点也有可能被扩大。而且遗传的这个缺点在这个猫品种血系的存在是永久性的。
2、近亲繁殖的优缺点不是平均分配在每一只后代猫咪上。当一个繁育学家明确了近亲繁殖的特点，知道近亲繁殖的影响之后，便可以利用近亲繁殖。繁育学家在某些时间、某些情况条件下作近亲繁殖，以此来繁育猫咪。
3、但除存在特殊的原因以外，在猫咪的繁殖问题上，人们应该遵循三代以内禁止近亲繁殖的规定，尽量不要给猫咪选择近亲繁殖的方式。
不建议让狗狗进行近亲繁殖。近亲繁殖会出现诸多遗传因素问题。第一、会增加各类遗传疾病的发生率。第二、生产的后代体质均低下，容易出现夭折的情况。第三、容易导致后代出现畸形，例如多眼、多头、多脚等现象。如果被不小心误配，建议将其带去医院进行绝育手术。
近亲繁殖的特点主要在于优势会保持甚至更优。但是缺点（比如遗传病）也会更严重。所以人的近亲繁殖会出现很多不健康的、畸形的、带有严重遗传病婴儿。这也是为什么人要避免近亲繁殖。所以虽然狗的基因多样性让狗发生这种情况的几率略小于人类。但是一般来说狗也是不太建议近亲繁殖的。只是有些血统比较好的狗，为了获得那个优势更优的效果，还会小范围少量的做一些近亲繁殖，以保持血统。其他的狗都不建议近亲繁殖。
近亲繁殖有两种坏的可能性，一种可能性是鱼身上的颜色褪去；另一种可能性是基因恶化，后代的鱼会越来越小。但是近亲鱼繁殖也有一个优点就是可以纯化优良基因。很多新品种的凤尾鱼都是用这种方式培育出来的，不过这种提纯一般要优化至少3代以上才能保持住基因。
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