结肠炎患者由于严重腹泻，容易导致脱水、体内的电解质失衡，需要及时纠正电解质紊乱，如果便血严重者，需要给予输血治疗，低蛋白血症者，需要补充白蛋白，伴有营养不良者，主张高糖、高蛋白低脂饮食，适当补充叶酸、维生素和微量元素，建议补充益生菌，调节肠道菌群。
药物治疗个体差异大，不存在绝对的最好、最快、最有效，氨基水杨酸制剂是治疗溃疡性结肠炎的主要药物，糖皮质激素用于炎症性肠病急性活动期，免疫制剂用于激素无效时或者维持治疗，生物质及用于经激素及免疫治疗无效或不能耐受者。
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