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如果查出有巨细胞病毒感染，此时患者没有任何症状和体征，没有发现合并肺炎、肝损害、中枢神经系统并发症等，不需要任何治疗。只需要定期复查血常规、肝功能、肺部CT、人巨细胞病毒DNA即可。
对于有临床症状或者先天性人巨细胞病毒感染者可进行抗病毒治疗。进行免疫抑制治疗的患者，定期监测巨细胞病毒激活情况，尽早进行抗病毒治疗。一般选用更昔洛韦、膦甲酸钠、缬更昔洛韦，还有巨细胞病毒特异性免疫球蛋白治疗。
妊娠早期出现原发性巨细胞病毒感染时，应尽快终止妊娠。妊娠中晚期感染巨细胞病毒，应检查胎儿有无畸形，而采取相应的治疗措施。
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