中医理论认为，肾藏精、主生殖，精子畸形多是因肾虚或者体内夹湿热毒导致的，治疗应从肾入手，选用合适的方药。还要运用中医特色疗法，其中，疗效比较显著的是针挑治疗，运用中西医结合的治疗点，改善精子畸形，增强精子的恢复能力。
现代医学认为，精子畸形是指的正常形态的精子少于4%。畸形精子原因很多，随着环境污染，食品不安全等原因越来越多。首先要注意居住环境，避免放射性因素，避免接触化学物质、辐射，尽量吃健康无公害的食物，避免不良的生活习惯，避免久坐导致会阴高温，避免长期多次泡温泉、蒸桑拿、泡热水澡。
严重的精子畸形，要弄清楚原因，针对性治疗。如果是生殖道感染，要进行敏感的抗生素进行消炎治疗；如果是内分泌异常就要调节内分泌。这些方法治疗没效，可以采用梯度离心法分离出精液中的正常精子，进行人工授精，促进受孕。
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