现在很多品种猫就是通过近亲繁殖来达到血统的保存的。但是其实并不是很建议让猫咪进行近亲繁殖。就像人类的近亲繁殖一样，猫咪近亲繁殖也会造成基因的单一性，导致一些遗传性疾病的发生，以及猫咪对一些品种易感性疾病的抵抗力下降，对于猫咪这个物种的长久性生存并不是有利的。但是目前没有办法杜绝这种现象，因为我们不得不承认目前大家对于品种血统的追求还是比较高的，而近亲繁殖是让血统得到完好保存和继承的唯一途径，所以只能尽量做好猫咪的定期体检以及对品种相关疾病的提前预防来降低这种由于近亲繁殖带来的风险发生的概率。
鸡近亲繁殖可纯化优良基因，淘汰不良基因的个体。
除育种中培育良种时，在必要时，需进行一定程度的近亲繁殖，生产上不可近亲繁殖。
因近亲繁殖会使大量个体因不良基因的纯合而出现衰弱、残疾和死亡。只有少数优良基因因纯化而留作种用，故近亲繁殖也仅在品系育种中采用。
动物近亲繁殖会产生很多不良后果，无论是人工饲养的猪羊鸡狗等家畜，还是狮虎豹等野生动物，近亲繁殖产生的后代都往往体弱多病，存活机会较少。由于许多遗传基因只有在它们并存于双亲的基因中时才显现出其消极的一面，而双亲的亲缘关系越近，它们的基因特性雷同的机会就越大。
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