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原核生物容易受到自然界外源DNA的入侵，但是，生物在长期的进化过程中形成了一套完善的防御机制，以防止外来病原物的侵害。限制酶就是细菌的一种防御性工具，当外源DNA侵入时，会利用限制酶将外源DNA切割掉，以保证自身的安全。所以，限制酶在原核生物中主要起到切割外源DNA、使之失效，从而达到保护自身的目的。
限制性核酸内切酶作用于磷酸二酯键。
限制性核酸内切酶（以下简称限制酶）：限制酶主要存在于微生物中。一种限制酶只能识别一种特定的核苷酸序列，并且能在特定的切点上切割DNA分子。是特异性地切断DNA链中磷酸二酯键的核酸酶。发现于原核生物体内，现已分离出100多种，几乎所有的原核生物都含有这种酶。是重组DNA技术和基因诊断中重要的一类工具酶。
目前已经发现了200多种限制酶，它们的切点各不相内同。苏云金芽孢杆菌中的抗虫基因，就能被某种限制酶切割下来。在基因工容程中起作用。
一般情况下，所有酶都能重复使用，因为酶是化学反应的催化剂，不参与反应，不会被消耗。限制酶是酶的一种，不会参与化学反应，不会被消耗，可重复使用。
每种限制酶可特异识别专一DNA序列，并在切割位点将其准确切割。细菌将自身的DNA甲基化修饰，防止了被自身核酸内切酶降解。这些甲基化基团被装到DNA大沟的腺嘌呤或胞嘧啶上，使限制酶不能与DNA序列结合，但又不影响这些DNA序列上遗传信息的正常识别与表达。
限制酶用于DNA基因组物理图谱的组建；基因的定位和基因分离；DNA分子碱基序列分析；比较相关的DNA分子和遗传工程；进行基因工程编辑。限制酶是由细菌产生的，其生理意义是提高自身的防御能力。
限制酶是可以识别并附着特定的脱氧核苷酸序列，并对每条链中特定部位的两个脱氧核糖核苷酸之间的磷酸二酯键进行切割的一类酶。
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