甲硝唑是抗厌氧菌药，抗滴虫药，用于治疗肠道和肠外阿米巴病，如阿米巴肝脓肿，胸膜阿米巴病等，还可用于治疗阴道滴虫病，小袋虫病和皮肤利什曼病，麦地那龙线虫感染等，目前还广泛用于厌氧菌感染的治疗，还可用于根除幽门螺杆菌。
用于肠道阿米巴病时，一次0.4～0.6克，每天3次，疗程7天；肠道外阿米巴病，一次0.6～0.8克，一日3次，疗程20天；用于滴虫病，一次0.2克，一日4次，疗程7天，可同时用栓剂，每晚0.5克置入阴道内，连用7～10天；用于厌氧菌感染，每日口服0.6～1.2克，分3次口服，7～10天为一疗程；用于幽门螺杆菌感染，每次0.5克，每天2次，疗程是7天到14天。
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